Tuumiklaborid
Tehnoloogiainstituut väärtustab kõrgelt koostööd ettevõtjatega. Meie teadlased on osalenud mitmetes rakenduslikes projektides, mille tulemusena on ettevõtjad saanud oma käsutusse uusi tehnoloogilisi lahendusi. Meie teadustöö koondub järgmiste põhivaldkondade alla: biomeditsiinitehnoloogia, keskkonnatehnoloogia, materjaliteadus ja robootika.
Meil on viis tuumiklaborit, mille ülesandeks on tagada teadlastele ja ettevõtetele ligipääs kõrgklassi tehnoloogiale, et seeläbi tagada ja kasvatada tehnoloogilist kompetentsi. Lisaks viiele tuumiklaborile pakume teenuseid ka materjaliteaduse ja robootika valdkonnas. Tuumiklaboreid kasutavad igapäevaselt meie teadlased oma teadusprojektideks, kuid pakume teenuseid ka ettevõtetele, et koos välja töötada innovaatilist tehnoloogiat. Võta meiega ühendust, kui oled huvitatud koostööst!
Proteoomika tuumiklabor on mass-spektromeetrial põhinevaid proteoomi, valkude ja peptiidide analüüse pakkuv teenuslabor.
Teenused:
- Proteoomi koostise ja selle erinevuste ja muutuste analüüs bioloogilistes proovides, kasutades märgisevaba (’label-free’) või märgisega (nt. SILAC) võrdlevat kvantitatiivset lähenemist.
- Valkude identifitseerimine, identiteedi kontroll ja sekveneerimine puhastatud valgupreparaatides, elektroforeesi geeli bändides jm.
- Valkude interaktsioonipartnerite identifitseerimine ko-immunosadestatud, TurboID, või muu metoodikaga ette valmistatud proovidest.
- Valkude post-translatsiooniliste modifikatsioonide (fosforüleerimine, ubikvitinüleerimine, metüleerimine jne.) määramine ja kaardistamine.
- Proovide liigilise päritolu analüüs nendes identifitseeritud valkude põhjal (paleoproteoomika jms.).
Pakume oma teenuseid teaduslaboritele nii Tartu Ülikoolis kui ka mujal Eestis ning välismaal, samuti erasektorile.
Ivar Ilves, PhD (molekulaarne viroloogia),
biomeditsiini kaasprofessor ja tuumiklabori juht
e-post: [email protected]
Merilin Saarma, MSc (bioloogia),
tuumiklabori spetsialist
e-post: [email protected]
Soovitame meiega kindlasti ühendust võtta juba analüüside planeerimise faasis, et koos paika panna sobivaim prooviettevalmistuse ja analüüsimetoodika.
Meie aadress on:
Proteoomika tuumiklabor, ruum #532
Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituut,
Nooruse 1,
Tartu 50411,
Eesti
Analüüside tegemiseks kasutame tänapäevaseid Q Exactive HF ja Q Exactive Plus kvadrupool-Orbitrap hübriid mass-spektromeetreid (Thermo Fisher Scientific). Kombineeritult Dionex Ultimate3000 RSLC nano-LC vedelikkromatograafidega moodustavad need võimeka ja kaasaegse tehnilise platvormi tandem mass-spektromeetrial (LC-MS/MS) põhinevate kvalitatiivsete ja kvantitatiivsete proteoomikaanalüüside tegemiseks.
Koos proovidega palume meile saata e-maili teel ka täidetud pdf formaadis tellimuslehe, mille saab alla laadida SIIT>>
Palun laadige tellimusvorm endale arvutisse, täitke see Adobe Acrobat Reader-it kasutades ja salvestage, lisades faili nimesse kuupäeva ja oma nime. Proovide nimekirja võib kuni kümne proovi puhul lisada tellimusvormi lõppu, või saata eraldi Microsoft Excel’i tabelina.
Tooge proovid meile kas ise või saatke posti teel. Kui toote ise, siis palume meiega eelnevalt kokku leppida selleks sobiva ajavahemiku. Kui saadate postiga, siis palume selleks kasutada kulleriteenust, mitte tavaposti.
Rakke, kudesid, kehavedelikke, valgulahuseid ja muid natiivses vormis bioloogilisi materjale on soovitav enne saatmist kiirelt külmutada (näiteks vedelas lämmastikus) ja ka transportida külmutatuna, soovitavalt kuival jääl (-80°C) või vähemalt -20°C juures. Koekultuuri rakke on sealjuures kõige parem saata põhja tsentrifuugitud pestud ja kuiva rakusademena. Valguforeesi geelist lõigatud geeliblokke valgubändidega, samuti sadestatud, lüofiliseeritud, või denatureerivas puhvris valguproove on samuti soovitav transportida kas koos -20°C külmabrikettidega, jahutuspakkidega, või jääl, kuigi lühemat aega kannatavad seda tüüpi proovid ka toatemperatuuril transporti.
Valgugeele on geelist välja lõigatavate bändide identifitseerimiseks soovitav värvida Coomassie sinisega. Kui kasutada hõbedavärvimisprotokolli, tuleks eelnevalt üle kontrollida, kas konkreetne protokoll on mass-spektromeetriaks sobilik. Nii valkude geelelektroforeesi kui muud tüüpi prooviettevalmistuse puhul tuleks, niipalju kui võimalik, vältida keskkonnast tulenevat (võõr)valgulist kontaminatsiooni. Selle põhiallikad on nahas ja tolmus sisalduvad keratiinid ning rakusöötmetesse lisatava veise seerumi valgud. Proovide ette valmistamisel tuleks seepärast kanda kindaid ja kasutada võimalikult värskeid ja kvaliteetsetest komponentidest lahuseid ning puhtaid töövahendeid (nõusid, foreesiklaase ja -kamme jne.).
Radioaktiivselt märgistatud valke või ühendeid sisaldavaid proove me analüüsiks vastu ei võta!
Paternoga H, Xia L, Dimitrova-Paternoga L, Li S, Yan LL, Oestereich M, Kasvandik S, Nanjaraj Urs AN, Beckert B, Tenson T, Zaher H, Inada T, Wilson DN. Structure of a Gcn2 dimer in complex with the large 60S ribosomal subunit. Proc Natl Acad Sci U S A. 2025 Apr 15;122(15):e2415807122. doi: 10.1073/pnas.2415807122.
Koit S, Tamberg N, Reinapae A, Peil L, Kristjuhan A, Ilves I. A conserved phosphorylation mechanism for regulating the interaction between the CMG replicative helicase and its forked DNA substrate. J Biol Chem. 2025 Mar 14;301(4):108408. doi: 10.1016/j.jbc.2025.108408.
Dimitrova-Paternoga L, Kasvandik S, Beckert B, Granneman S, Tenson T, Wilson DN, Paternoga H. Structural basis of ribosomal 30S subunit degradation by RNase R. Nature. 2024 Feb;626(8001):1133-1140. doi: 10.1038/s41586-024-07027-6.
Peil K, Värv S, Ilves I, Kristjuhan K, Jürgens H, Kristjuhan A. Transcriptional regulator Taf14 binds DNA and is required for the function of transcription factor TFIID in the absence of histone H2A.Z. J Biol Chem. 2022 Sep;298(9):102369. doi: 10.1016/j.jbc.2022.102369.
Xia J, Sánchez BJ, Chen Y, Campbell K, Kasvandik S, Nielsen J. Proteome allocations change linearly with the specific growth rate of Saccharomyces cerevisiae under glucose limitation. Nat Commun. 2022 May 20;13(1):2819. doi: 10.1038/s41467-022-30513-2.
Pochopien AA, Beckert B, Kasvandik S, Berninghausen O, Beckmann R, Tenson T, Wilson DN. Structure of Gcn1 bound to stalled and colliding 80S ribosomes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021 Apr 6;118(14):e2022756118. doi: 10.1073/pnas.2022756118.
Crowe-McAuliffe C, Takada H, Murina V, Polte C, Kasvandik S, Tenson T, Ignatova Z, Atkinson GC, Wilson DN, Hauryliuk V. Structural Basis for Bacterial Ribosome-Associated Quality Control by RqcH and RqcP. Mol Cell. 2021 Jan 7;81(1):115-126.e7. doi: 10.1016/j.molcel.2020.11.002.
Campbell K, Westholm J, Kasvandik S, Di Bartolomeo F, Mormino M, Nielsen J. Building blocks are synthesized on demand during the yeast cell cycle. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Apr 7;117(14):7575-7583. doi: 10.1073/pnas.1919535117
Tamberg N, Tahk S, Koit S, Kristjuhan K, Kasvandik S, Kristjuhan A, Ilves I. Keap1-MCM3 interaction is a potential coordinator of molecular machineries of antioxidant response and genomic DNA replication in metazoa. Sci Rep. 2018 Aug 14;8(1):12136. doi: 10.1038/s41598-018-30562-y.
Huter, P.; Arenz, S.; Bock, L. V.; Graf, M.; Frister, J. O.; Heuer, A.; Peil, L.; Starosta, A. L.; Wohlgemuth, I.; Peske, F., Structural basis for polyproline-mediated ribosome stalling and rescue by the translation elongation factor EF-P. Molecular Cell 2017, 68, (3), 515-527. e6.
Peil, L.; Starosta, A. L.; Lassak, J.; Atkinson, G. C.; Virumäe, K.; Spitzer, M.; Tenson, T.; Jung, K.; Remme, J.; Wilson, D. N., Distinct XPPX sequence motifs induce ribosome stalling, which is rescued by the translation elongation factor EF-P. Proceedings of the National Academy of Sciences 2013, 110, (38), 15265-15270.
Peil, L.; Starosta, A. L.; Virumäe, K.; Atkinson, G. C.; Tenson, T.; Remme, J.; Wilson, D. N., Lys34 of translation elongation factor EF-P is hydroxylated by YfcM. Nature Chemical Biology 2012, 8, (8), 695-697.
Rakutehnoloogia tuumiklabori eesmärgiks on teadus- ja tehnoloogiaalaste teenuste osutamine nii teadlastele kui ka ettevõtetele.
Teenused:
- Voolutsütomeetria
- Konfokaalmikroskoop
- Reaalaja PCR (Real-time PCR)
- Rakuliinide valmistamine ja kasvatamine
- Söötmete ja lahuste valmistamine
Inimesed:
Reet Kurg, PhD (molekulaarbioloogia), tuumiklabori juhataja, e-post: [email protected]
Eve Toomsoo, laborant, e-post: [email protected]
Teadusaparatuuri ehitamise tuumiklabor ehitab unikaalset aparatuuri, mida poest osta pole võimalik. Meie klientideks on nii teadlased, kes vajavad uudset aparatuuri teadustööks, kui ka ettevõtjad, kel on vajadus uute masinate projekteerimise ja konstrueerimise järele.
Oleme spetsialiseerunud pakkuma ettevõtetele kohandatud lahendusi, mis hõlmavad laia valikut teenuseid alates robootika, automaatika ja mehaanika konstrueerimisest kuni elektroonika ja tarkvara arenduseni. Meie eesmärk on toetada tööstussektori innovatsiooni, pakkudes lahendusi, mis suurendavad tootlikkust, efektiivsust ja tehnoloogilist võimekust.
Teenused:
- Tööstusele suunatud teenused: Meie kogenud meeskond pakub elektroonika ja tarkvara arendust, robootika ja automaatikalahendusi, süsteemide integreerimist ning projektijuhtimist. Meie lähenemine on suunatud sellele, et pakkuda teie ettevõttele just neid tehnilisi lahendusi, mida vajate edukaks arenguks ja konkurentsieelise saavutamiseks.
- Projekti juhtimine koos lisaväärtustega: Lisaks tehnilistele teenustele pakume projektijuhtimist alates idee genereerimisest kuni valmis lahenduseni. Aitame leida sobivad koostööpartnerid ja rahastusallikad nii Eestis kui ka Euroopa tasandil, et tagada teie projekti maksimaalne edu ja jätkusuutlikkus.
- Eelnõustamine: Meie eksperdid aitavad teil määratleda teie tehnilised vajadused ja kavandada aparatuuri, mis vastab teie unikaalsetele nõudmistele. Meie lähenemisviis on personaalne, tagades, et iga projekt on suunatud just teie ettevõtte eesmärkide saavutamisele.
Inimesed:
Alvo Aabloo, PhD (füüsika), tuumiklabori juhataja, epost: [email protected]
Teadlastele ja akadeemilisele sektorile pakume samuti kohandatud lahendusi, sealhulgas uudse aparatuuri projekteerimist ja konstrueerimist teadustöö vajadusteks. Meie tiim on pühendunud toetama teadusuuringuid, pakkudes aparatuuri, mis võimaldab läbi viia tipptasemel uurimistöid ja edendada teaduslikke avastusi.
Meie meeskond koosneb ala spetsialistidest, kes on pühendunud pakkuma kvaliteetseid, innovaatilisi ja täpselt teie vajadustele vastavaid lahendusi.
Bioohutuse tuumiklabori eesmärgiks on edendada riiklikku bioohutuse ja bioturvalisuse valdkonda. Tehniline kompetents ja lai aparatuuri valik võimaldab nii teadlastel kui ka ettevõtetel teostada mahukaid patogeenidega seotud alus- ja rakendusteadusi ning arendustegevusi.
Teenused:
- Aparatuuri ja laboriruumide kasutamine
- Uurimistööd ja/või teenustööd (ohuklass 3. patogeenidega)
- Imetajate koekultuuri rakuliinide tegemine ja kasvatamine
- Eukarüootsete koekultuuri rakkude transfekteerimine viirusliku RNA või cDNAga või nakatamine looduslike ja/või rekombinantsete viirustega
- Katseloomade nakatamine looduslike ja/või rekombinantsete viirustega
- Eukarüootsete koekultuuri rakkude nakatamine patogeensete mikroobidega (ohuklass 2)
- Katseloomade nakatamine patogeensete mikroobidega, et uurida ravi mõju nakkusmudelis ja/või viiruse/mikroobi põhjustatud patogeneesi protsessi
- Mittenakkuslike materjalide analüüsid
- Muud teenustööd
Inimesed:
Liane Viru, PhD (biomeditsiini tehnoloogia), tuumiklabori juhataja, epost: [email protected]
Simulatsioonitehnoloogiate tuumiklabor tegutseb materjalid ekstreemsetes keskkonnatingimuste töörühma juures, ning selle eesmärk on leida kommertsrakendus TÜTI-is kasutatavatele ja arendatavatele arvutisimulatsioonide meetoditele. Näited kasutatavast metoodikast on lõplike elementide analüüs, vedelikudünaamika, molekulaardünaamika, tihedusfunktsionaali teooria (DFT). Kasutame ka kombinatsioone meetoditest multiskaala raamistikus. Olulisimad kasutatavad tarkvarad on Comsol Multiphysics, OpenFOAM, LAMMPS, Gaussian, VASP, FEMOCS.
Teemad:
- Tahkiste ja materjalide mehhaanika
- Elektrostaatika ja -dünaamika
- Vedelike dünaamika
- Soojusülekanne ja difusioon
- Akustika
- Numbriliste meetodite arendus
Inimesed:
Veronika Zadin, PhD (füüsikaline infotehnoloogia), tuumiklabori juhataja, e-post: [email protected]
