Proteoomika tuumiklabor
Tartu Ülikooli (TÜ) proteoomika tuumiklabor (PTL) on mass-spektromeetrial (MS) põhinevaid proteoomika-analüüse pakkuv kompetentsikeskus. MS-proteoomika eesmärgiks on iseloomustada rakkude, kudede, kehavedelike ja bioloogiliste ravimite valkude/peptiidide komplekti.
TÜ PTLi tööde jooksvat hetkeseisu ja järjekorda saab näha SIIT.
TÜ PTL toimib teenuslabori põhimõttel, koondades kokku spetsiifilise aparatuuri ja vastava kvalifikatsiooniga tööjõu. Pakume teenuseid TÜ uurimisrühmadele ja teistele teadusasutustele (ülikoolid, riiklikud laborid, T&A arenduskeskused jt), samuti erasektorile.
TÜ PTL pakub järgmisi proteoomika-alaseid analüüse:
- Valkude tuvastamine ja sekveneerimine (sh de novo ehk tundmatu järjestusega valkude sekveneerimine).
- Valkude märgisevaba (’label-free’) ja märgisega (nt SILAC, iTRAQ, TMT jmt) relatiivne ja absoluutne kvantiteerimine.
- Valkude post-translatoorsete modifikatsioonide tuvastamine ja kaardistamine, sh modifikatsioonimäärade hindamine:
- fosforüülimine, sh vastava modifikatsiooniga valkude rikastamine,
- metüleerimine ja atsetüleerimine, sh vastava modifikatsiooniga valkude rikastamine,
- N- ja O-glükosüleerimise, ubikvitinüleerimise saidid,
- sulfaatimine, nitreerimine, deamideerumine, hüdroksüleerimine jm lihtmodifikatsioonid.
- Intaksete valkude (nt monoklonaalsed antikehad) masside määramine ja top-down analüüs (< 200 kDa).
- Endogeenselt (nt disulfiidsildadega) ja keemiliselt ristseotud peptiidide tuvastamine.
- Valkude/peptiidide suunatud kvantiteerimine (’parallel reaction monitoring’, ’multiple reaction monitoring’).
- Valguliste biomarkerite avastamise ja valideerimise faasi uuringud.
- Muude proteoomika-alaste analüüside väljatöötamine.
Lisaks teenusanalüüsidele tegeleb labor uute tehnoloogiate testimise, juurutamise ja arendusega, samuti kohaliku ja rahvusvahelise teaduskoostööga. PTLi teadurite tööd on leidnud kajastamist mitmetes teaduspublikatsioonides. 2019. aastast osaleb TÜ PTL Euroopa proteoomika tipprühmade võrgustikuprojektis EPIC-XS (https://epic-xs.eu/), mille eesmärgiks on kasvatada proteoomika-alaste tehnoloogiate kättesaadavust ja arendada seniseid meetodeid.
Enne proteoomika katse planeerimist soovitame meiega ühendust võtta, et saaksite efektiivseks analüüsiks vajaminevat katseplaani koostada.
NB! Seoses muudatustega tuumiklabori personalis, palume analüüside teostamise võimalikkuse kohta ühendust võtta Tanel Tensoniga (tanel.tenson@ut.ee).
Analüüside tellimise eelselt palume tutvuda hinnakirjaga.
Proovide üleandmise ja transpordi kohta on võimalik lugeda siit.
APARATUUR
TÜ PTLis on kasutusel järgmised instrumendid.
Elektroforees
- Agilent 3100 OFFGel
- Invitrogen XCell SureLock MiniCell SDS-PAGE
- Expedeon GELFREE 8100
Vedelik-kromatograafia
- Agilent 1200 Series nano-LC
- Dionex Ultimate3000 RSLC nano-LC
- Thermo Fisher Scientific Easy-nLC 1000
Mass-spektromeetria
- Thermo Fisher Scientific Q Exactive Plus
- Thermo Fisher Scientific Q Exactive HF
Merilin Saarma, MSc (bioloogia), spetsialist, e-post: merilin.saarma@ut.ee
VALIK PROTEOOMIKA TUUMIKLABORIGA SEOTUD PUBLIKATSIOONE
Pochopien, A. A.; Beckert, B.; Kasvandik, S.; Berninghausen, O.; Beckmann, R.; Tenson, T.; Wilson, D. N., Structure of Gcn1 bound to stalled and colliding 80S ribosomes. Proceedings of the National Academy of Sciences 2021, 118, (14).
Crowe-McAuliffe, C.; Takada, H.; Murina, V.; Polte, C.; Kasvandik, S.; Tenson, T.; Ignatova, Z.; Atkinson, G. C.; Wilson, D. N.; Hauryliuk, V., Structural basis for bacterial ribosome-associated quality control by RqcH and RqcP. Molecular Cell 2021, 81, (1), 115-126. e7.
Kasvandik, S.; Saarma, M.; Kaart, T.; Rooda, I.; Velthut-Meikas, A.; Ehrenberg, A.; Gemzell, K.; Lalitkumar, P. G.; Salumets, A.; Peters, M., Uterine fluid proteins for minimally invasive assessment of endometrial receptivity. The Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism 2020, 105, (1), 219-230.
Campbell, K.; Westholm, J.; Kasvandik, S.; Di Bartolomeo, F.; Mormino, M.; Nielsen, J., Building blocks are synthesized on demand during the yeast cell cycle. Proceedings of the National Academy of Sciences 2020, 117, (14), 7575-7583.
Mutso, M.; Morro, A. M.; Smedberg, C.; Kasvandik, S.; Aquilimeba, M.; Teppor, M.; Tarve, L.; Lulla, A.; Lulla, V.; Saul, S., Mutation of CD2AP and SH3KBP1 binding motif in alphavirus nsP3 hypervariable domain results in attenuated virus. Viruses 2018, 10, (5), 226.
Ahlstrand, T.; Torittu, A.; Elovaara, H.; Välimaa, H.; Pöllänen, M. T.; Kasvandik, S.; Högbom, M.; Ihalin, R., Interactions between the Aggregatibacter actinomycetemcomitans secretin HofQ and host cytokines indicate a link between natural competence and interleukin-8 uptake. Virulence 2018, 9, (1), 1205-1223.
Lahtvee, P.-J.; Sánchez, B. J.; Smialowska, A.; Kasvandik, S.; Elsemman, I. E.; Gatto, F.; Nielsen, J., Absolute quantification of protein and mRNA abundances demonstrate variability in gene-specific translation efficiency in yeast. Cell systems 2017, 4, (5), 495-504. e5.
Huter, P.; Arenz, S.; Bock, L. V.; Graf, M.; Frister, J. O.; Heuer, A.; Peil, L.; Starosta, A. L.; Wohlgemuth, I.; Peske, F., Structural basis for polyproline-mediated ribosome stalling and rescue by the translation elongation factor EF-P. Molecular cell 2017, 68, (3), 515-527. e6.
Resch, U.; Tsatsaronis, J. A.; Le Rhun, A.; Stübiger, G.; Rohde, M.; Kasvandik, S.; Holzmeister, S.; Tinnefeld, P.; Wai, S. N.; Charpentier, E., A two-component regulatory system impacts extracellular membrane-derived vesicle production in group A Streptococcus. MBio 2016, 7, (6).
Mumm, K.; Ainsaar, K.; Kasvandik, S.; Tenson, T.; Hõrak, R., Responses of Pseudomonas putida to zinc excess determined at the proteome level: Pathways dependent and independent of ColRS. Journal of proteome research 2016, 15, (12), 4349-4368.
Kasvandik, S.; Sillaste, G.; Velthut‐Meikas, A.; Mikelsaar, A. V.; Hallap, T.; Padrik, P.; Tenson, T.; Jaakma, Ü.; Kõks, S.; Salumets, A., Bovine sperm plasma membrane proteomics through biotinylation and subcellular enrichment. Proteomics 2015, 15, (11), 1906-1920.
Kasvandik, S.; Samuel, K. l.; Peters, M.; Eimre, M.; Peet, N. d.; Roost, A. M.; Padrik, L.; Paju, K.; Peil, L.; Salumets, A., Deep quantitative proteomics reveals extensive metabolic reprogramming and cancer-like changes of ectopic endometriotic stromal cells. Journal of proteome research 2015, 15, (2), 572-584.
Starosta, A. L.; Lassak, J.; Peil, L.; Atkinson, G. C.; Virumäe, K.; Tenson, T.; Remme, J.; Jung, K.; Wilson, D. N., Translational stalling at polyproline stretches is modulated by the sequence context upstream of the stall site. Nucleic acids research 2014, 42, (16), 10711-10719.
Arike, L.; Peil, L., Spectral counting label-free proteomics. In Shotgun Proteomics, Springer: 2014; pp 213-222.
Peil, L.; Starosta, A. L.; Lassak, J.; Atkinson, G. C.; Virumäe, K.; Spitzer, M.; Tenson, T.; Jung, K.; Remme, J.; Wilson, D. N., Distinct XPPX sequence motifs induce ribosome stalling, which is rescued by the translation elongation factor EF-P. Proceedings of the National Academy of Sciences 2013, 110, (38), 15265-15270.
Peil, L.; Starosta, A. L.; Virumäe, K.; Atkinson, G. C.; Tenson, T.; Remme, J.; Wilson, D. N., Lys34 of translation elongation factor EF-P is hydroxylated by YfcM. Nature chemical biology 2012, 8, (8), 695-697.
